Zoom sur le métier : Bio-informaticienne
Bio-informaticien (Définition, Missions et Rôle)
Avec l’essor des projets « omiques » (génomique, protéomique, transcriptomique, etc.), la biologie moderne a vu apparaître une nouvelle discipline, la bioinformatique. Mélange de biologie et d’informatique, elle concerne la gestion des données, mais également la modélisation de phénomènes biologiques. Outil de traitement intensif, la bioinformatique sert avant tout à proposer aux biologistes des pistes qu’ils valideront sur la paillasse.
Bases de données
La biologie génère un nombre conséquent de données expérimentales ou d’analyse. Avec l’avènement des ordinateurs, ces données se doivent d’être gérées sur informatique. Votre rôle consiste à concevoir les bases de données qui stockeront au mieux ces données, pour permettre leur utilisation optimale, quelles que soient les questions que l’on souhaite se poser. Dans un contexte Internet généralisé, vous êtes amené à utiliser pour la réalisation de vos programmes les techniques du Web, en Open Source pour la diffusion maximale des données de recherche, ou en techniques sécurisées dans les entreprises de biotechnologies.
Traitements automatiques
Devant l’avalanche de données produites par les projets de séquençage, mais aussi par tous les robots biologiques actuels, un traitement « à la main » n’est plus envisageable. Comparer des séquences d’ADN de plusieurs centaines de bases dans des banques de donnés contenant des centaines de milliers, voire des millions de données, ne peut pas se faire par simple comparaison visuelle. Heureusement, de nombreuses techniques informatiques, très abordables pour des biologistes, permettent d’effectuer ces traitements. En support à la recherche, vous écrivez des « scripts » permettant de découvrir, parmi les données publiques, celles qui répondent aux questions que se posent les chercheurs. Ce travail en collaboration avec les chercheurs en génomique est un des points les plus spécifiques du métier.
Modélisation biologique
La modélisation des phénomènes biologiques n’en est qu’à ses débuts. Les modèles mathématiques et informatiques sont appelés à remplacer une partie des expérimentations préliminaires en biologie. Leur avantage ? Profiter de la puissance de l’ordinateur pour tester très rapidement des milliers d’hypothèses. On parle ainsi de « screening virtuel ». Votre rôle consiste à définir ces modèles, et à les programmer dans les logiciels spécialisés de modélisation ou de simulation. Mais il ne faut jamais oublier que tout modèle ou hypothèse bioinformatique doit être validé par de vraies expériences biologiques. La collaboration entre bioinformaticiens et biologistes est donc toujours de mise?
